御坂美琴是一个天真烂漫的女孩，她始终快乐和自由自在的生活在学园都市的阳光一面，从未意识到过学园都市的黑暗一面的存在。殊不知，至少学园都市高层默许的两项血腥实验计划都与她息息相关。
年幼时的御坂美琴，曾为了治疗肌肉萎缩症而向宣称以治疗肌肉萎缩为目的的樋口制药·第七药学研究中心提供了a图谱。于是，美琴的a情报，被正式登陆于学园都市书库中。
（御坂零号因此而产生，并有了后来的一系列事件。所以，第七位（后期登场原创人物）和食蜂操祈都对美琴没什么好感，认为正是她没有保护好她的a图谱，才导致了后来悲剧的发生）
学园都市中，有着一个“超电磁炮的a被用来制造军事用途的复制人”的都市传闻，但是由于围绕着美琴打转的荒谬谣言多到数不清，所以美琴并没有把这个谣言当真
这是美琴第一次见到了自己的克隆人。
望着那张和自己一模一样的面孔，美琴心痛到几乎无法呼吸，眼前的一切，已然证明，关于自己有克隆人的传闻，不是什么都市传说，而是血淋淋的事实！
“你们...你们...竟敢！”
美琴已经失去了理智，她不顾一切的向一方通行和吉尔伽美什冲去
然而一只手使劲拽住了她
白井黑子作为风纪委员，对学园都市的黑暗面是有一些略微了解的。此时的她显然要比美琴冷静的多
“姐姐大人，不要冲动！我们不是他们的对手，必须离开这里！”
说着，她想要发动空间能力，带着美琴离开。
可她惊恐的发现，自己的能力竟然失效了！而自己和御坂美琴的身上，更是不知何时密密麻麻的缠满了金色的锁链
吉尔伽美什的天之锁。
“杂修，从你们看到了实验过程起，就不能让你们活着离开了！”
吉尔伽美什那略带讽刺的声音传来
言峰绮礼与木原幻生认识
这也是吉尔伽美什会出现在这里协助一方通行完成绝对能力者进化计划的原因。
“事情变得有意思起来了呢，没想到，素体来了”
一方通行踱步到御坂美琴的身前，揪住她的头发“你以为，就凭你，也想阻止实验？”
“别搞笑了好吗！”
御坂美琴试图演算着超能力公式，释放电流挣脱束缚，只是，超能力，又怎么可能对英灵的宝具起作用？
“杀了她们吧”一方通行转头对吉尔伽美什说道
吉尔伽美什点了点头，正欲动手。不经意间，他发现了突然从远方疾速飞来的一道金色剑气和猩红色的激光，瞳孔猛然一缩......
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“喂，你们没事吧？”
远坂凛摇晃着浑身是血和昏迷不醒的御坂美琴和白井黑子“喂，你们振作一点啊！”
远坂凛在凌焰的帮助下，好不容易才躲过了学园都市的身份审查，混进了学园都市。来这里寻找其他御主的线索。
可没想到，刚抵达学园都市内部，就看到了眼前这一幕。
美琴和黑子即将被杀死之际，远坂凛命令自己的英灵abr击退了金闪闪和一方通行，救下了美琴和黑子，使她们死里逃生。
“嘛，真是没办法，只能用魔术宝石救她们了！”
远坂凛取出了几颗治疗用的魔术宝石，口中开始吟唱出咒语，宝石在她的手中化为鲜红色的液体，滴落在美琴和黑子的身体上，缓缓渗入她们的伤口。
“好心疼啊，一颗宝石就要几十万日元呢，我的魔术宝石已经不多了！”远坂凛一脸肉疼的想着
机械引擎声响起，凌焰从天空中降落
“我们还是来晚了一步，我没追上他们！”凌焰严肃的说道
“凛，学园都市的现状远比我想象中复杂，言峰绮礼与木原一族勾结在了一起，他们的最终目的，很可能也是为了大圣杯”
这时，凌焰才注意到了昏迷的白井黑子和御坂美琴
“她是......lv第三位，超电磁炮御坂美琴？”
“嗯，刚才吉尔伽美什想杀了她们，凛命令我出手救下了她们”一旁的阿尔托莉雅说道
注意到了御坂妹妹的尸体，凌焰的语气不乏厌恶：“真是令人恶心！金闪闪居然会帮助木原一族做绝对能力者进化计划，四战时我就应该直接将他打回英灵座！”
“凛，abr”
凌焰望向两个女孩
“我觉得，我们除了赢得圣杯战争外，还有另一件事必须做了”
“粉碎绝对能力者进化计划”
。
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