率众暴乱的三个张营票帅都在混战中为韩衮部所斩杀。韩衮部的到来，扭转了局势，王来兴部随之反攻，两下合力，将张营的兵士们驱逐回了东面的张营大寨，并且堵住了几处寨门。
张营中，支持暴动者本就不是全部，现在暴动的主要策动人皆已脑袋搬家，望着寨外被赵营用长杆挑着来去示众的三颗血色头颅，营中的温和派重新占据上风。韩衮秉承赵当世的叮嘱，不断派人入营游说，威逼利诱下，张营最终放弃了再动干戈的念头，转而开门求和。
被张妙手带去褒城的有一千五百余人，留在城固的，还剩四五千之众，其中包含了许多老弱妇孺。韩衮与王来兴基于稳妥的考虑，没有放任自流，而是先将营中丁壮全都缴了械，之后不顾劳烦，一步一赶，将这四五千人监督着一路“押解”到了褒城。及张妙手部和看管他们的赵营后营、马军营俱入褒城，已是三日后。但在两日前，赵营的整编已然开始着手。
这次的整编，单从结构与规模上看，超出以往任何一次。主要参与者不止赵营的一帮老人，昌则玉、惠登相等新附众也包括了进来。战争需要谋定而后动，比战争更重要的内务更是如此。直到韩衮、王来兴带着张妙手上下人马到了褒城，为期两日的整编研讨才算有了个结果。
整编的首要成果，排第一位的，就是确定了赵营日后可能会在很长一段时期内都奉行不变的军事体制
先说军队编制，在反复讨论后，赵当世“博采众长”，确定了一个具有长期稳定性的方案：编制的最高级别为“军”，往下辖有若干“营”。每个营下面辖有若干“司”。每个司则如最初一样，五百人一满编，辖有五个“队”。每队百人，分五“行”。每行二十人，分四“伍”。伍是赵营最小军事单位，由五人组成。
军、营、司、队、行、伍六级，构成了赵营的军制主体。
一军之长的职位，赵当世考虑了很久，也参考了过往历朝诸多军职，最后还是打算以“总兵”称之。虽说赵营尚为流寇，用此官军之衔未免不伦不类，但话又说回来，拿一个生僻的古时军职出来，恐怕很多军将兵士心中都没有概念。而“总兵”二字固然粗滥，理解成本却也最小，各级军将一目了然便知此为一军之最高职。
徐珲开始表现出对此的强烈抵制，但昌则玉举了元末的例子，当时正朔在元，可天下叛军，无论文武大多套用元军官职以便于管理，也包括后来成功开国的朱元璋。甚至现在明军的许多军职追根溯源，都是来自于蒙元。况且当今流寇中，并不乏取官军职务自用的例子。以此类比，赵营的举止实不足为奇。
赵营现在是“名不正言不顺”，但众人拼命至今的意义，不就在打破桎梏、推翻暴‘政吗？若是自己在心底里都没有给自己一个正确且长远的定义，一直自认为寇、自甘堕落，那继续发展的意义何在？
徐珲被昌则玉一番话说得哑口无言，看上去还有些不快，但终究没再坚持。与他相反，侯大贵等人则是一脸兴奋。想自己苦哈哈大半辈子，不想有朝一日还能捞个“总兵”当当，不管是官是贼，手底下好歹也有成百上千的兵士管着。只此一点，就比明廷无数吃空饷度日的光杆总兵要强上不少。
一军除了总兵，尚有“参军”作为辅佐。参军无实权，只是在军务上给予总兵建议与指导，这对已经习惯了文员在侧的赵营众军将来说，并不难理解。
军之下，是营一级别。主职与前同，称为“千总”，千总身边亦仿效总兵，有“参谋”为辅。其下的司，称“百总”如旧，再下队、行、伍则分别称“队长”、“行长”、“伍长”。
以上是为赵营野战部队的军事编制。除此之外，赵营还视日渐重要的其他具体事务，设置了六个最为紧要的职位——亲养司指挥使、特勤司指挥使、稽察使、教练使、钱粮使、内务使，统称“六使”。
亲养司指挥使和特勤司指挥使都是从当初的夜不收中细化出来的职位。笼统来说，亲养司即赵当世的亲兵卫队，负责保卫主帅，而特勤司是将夜不收的打探、监视、渗透乃至刺杀等等特殊职能分出来组成的机构。
稽察使的主责在于制定军纪，并纠察各种失职、渎职行为，量刑定罪也在其职权范围内。
教练使则负责统带诸多“教头”，这些人都是营中选拔出来的武林高手，各种流派都有，负责在训练时给予军官、兵士格斗技击上的指导与更正。
钱粮使职如其名，主管全营粮秣供给、钱财支出等。
内务使职责很泛，既掌兵册，也管理甲胄军械等诸多杂事，随军人员的管理也在其职务范畴。同时，赵当世还将诸如“火器监造”这样的部门塞到了这里，虽然就现在来说，参与研发制作火器的人微乎其微，也没什么成果，但也不影响赵当世的“长远考虑”。
至于赵当世本人，“闯将”只能算是个诨号，要归于赵营系统显得正规的称呼，则是“大都督”。“大都督”之名历史悠久，但赵当世选择它，主要来源也是明军。明廷设过都督之职，但不常有，刚好拿来用。
制度既然粗定，接下来人员的调整势在必行。在此之前，赵当世首先根据各部递交上来的详细册籍以及数日前的战损，对现有归属在赵营底下的所有兵马数目作了一个详细的统计。
就赵营本部来说，与祖大弼一战后，刨去当场战死的以及这几日陆续死亡、确定伤势已经无法再支持战斗的等等冗兵后，前营三个司，前司郭虎头部剩三百来人，后司白旺部不足两百人，中司李延义部大致保持千人。整个前营减员一半多。
中营前后司白蛟龙、吴鸣凤两部合一起，同样堪堪半数，大约千人。左营覃进孝外战未归，不计。右营郝摇旗勉强算到两千人，后营王来兴也差不多这个数目。马军营韩衮不算廉不信部，一千马军不到。
所以统计下来，赵营本部在褒城的，只有六千五百步军，一千马军。且大多数部队编制残缺，难以再战，所以补充之事不可再拖。
转看惠、熊、张三部，惠登相五百人不到，熊万剑部经过裁汰，可用者三千人，张妙手部不管那些老幼妇孺，严格遴选，也有三千可战之兵。故而，通过这三人的配合或强制配合，赵营的重立，就建立在嫡系部队与补充进来的这三方人马的基础上。
从最大的方面看，赵营分两军，一谓“老本军”，一谓“先讨军”。
老本军顾名思义，即是赵营之核心，是根本所在。有这个威望以及能力担任老本军总兵的，非侯大贵莫属。先讨军乃赵营野战主力，任总兵之人也没有悬念，徐珲是也。
两军的参军，先讨军还好说，直接就确定了偃立成。这个与刘孝竑同出施州卫大族的士子有着与刘截然不同的性格，非常能与人打交道。之前，他辅助侯大贵，经过一段时间的相处，成功打消了侯大贵对于读书人的厌恶，并取得侯大贵的信任。且从他平素里的言行举止以及对军务方面的贡献来说，还是颇为靠谱的。赵当世认为把他调到徐珲身边，并不存在问题。
反倒是老本军的参军，赵当世深思熟虑良久，悬而不决。侯大贵与徐珲的脾气，一个似火，一个似冰。侯大贵此人，你只要能被他接纳，就如同融入了他的火焰，会得到极大的信任与自由；但徐珲不同，他是个主见很强的统帅，很多时候，军队的事，都是他一个人说了算，旁人若有异议，很可能遭到他的强烈反感。早前，在徐珲左右的是水丘谈，这人也是从施州卫与刘、偃一并出来的士子。但这水丘谈精于书牍算数，却讷于言行更不通军事，所以徐珲只是把他当一个笔杆子使，两人之间从未产生过意见上的分歧与争论，也因此一直相安无事。把偃立成调过去配合徐珲，很重要一点也是看中的偃立成为人处事的圆滑。
但偃立成一走，拿谁辅佐侯大贵成了老大难问题。参军之职十分紧要，赵当世不会轻易把人摆上去，他的本意，是在昌则玉、覃奇功、穆公淳三人中择一。然而通过昌则玉的言行赵当世明显能感觉到，其人之志，绝不在于一将身边，换句话说，他愿意牺牲武营余部来换取加入赵营，就是希望能在赵当世身边博得一席之地。且凭他的能耐与见识，把他下放，也着实大材小用，赵当世以后用得到他的地方还有很多，必须留在身边。本来穆公淳很合适，他擅长出奇计，但眼光不高，放在战术层面的作战部队里刚刚好，但这人脾气差，又挺孤傲，把他和性急火爆的侯大贵绑一块，有什么后果可想而知。所以思来想去，还是宽容大度，又沉稳干练的覃奇功为第一人选。有他在身边，侯大贵既能得到约束，也能得到指点。只是此时当事人不在，赵当世也怕覃奇功接受不了这样的安排，所以就暂时定了个方案，准备等见了覃奇功再行确认。
老本军下四营，按例分前、左、右、后，每营二千人。千总分别是白蛟龙、吴鸣凤、熊万剑与张妙手，与之对应四营的参谋则是惠登相、刘拥金、白旺、李延义。惠、熊、张先前地位摆在那里，不安排个高职，也难服人心，只不过对于这三人，赵当世始终秉持着“明尊暗控”的手段。尤其是惠登相，早年名头太响，赵当世不能不未雨绸缪，连个千总都不敢给他，而是将他放在白蛟龙身边监视。熊万剑、张妙手名义上是千总，但实权反倒在身边参谋白旺和李延义手里头。这一点，赵当世不说破，他们也都心知肚明——从他们宣布效忠赵当世的那一刻起，他们就再也无法左右自己命运，明哲保身，紧紧闭上自己的嘴，是他们最好的也是唯一的选择。多提一句，张妙手的后营一如既往，基本上是主管后勤的，稽察使、内务使、钱粮使的工作，也都和他的后营息息相关。
先讨军下三营，分前、左、右，其中前营三千人，左、右两营各二千人。千总分别是郭如克、覃进孝与郝摇旗，对应的参军则是宋侯真、路行云与杨招凤。郭如克即郭虎头本名，他这几个月历经血战，立下功勋无数，赵当世对他的忠心与能力已经颇为肯定，营中的其他军将也对他十分认可。就连一向不服人的郝摇旗也会说一句：“虎头这个千总，该当的。”他在数日前的战斗中受了重伤，不过万幸的是，他以及白旺、白蛟龙，伤都不及要害，经过全力施救，已然在快速恢复中，只有被马正面撞飞的周文赫，骨头断了几根，肚腹里也出了血，尚昏迷不醒。
郭虎头既然升到了高职，考虑自然多了起来。他之前只不过是呛入浓烟导致昏迷，所以醒过来是最快的。在听说自己当上了千总后，他十分郑重地托人转告赵当世，说自己想了很久，决定以后放弃“郭虎头”这个不登大雅之堂的诨号，从此任何场合都用本名“郭如克”，以显正式。当然，赵当世以及故人们相见，“虎头”二字还是可以说的。赵当世闻而莞尔，对他这个请求，照准无误。
覃进孝未归，暂将他部划到先讨军。值得一提的是，营中缺乏人才，赵当世本来想似前番，不给覃进孝的身边放置参谋。但韩衮从城固回来后给赵当世引荐了两人，一个路行云，一个郭名涛。这两个无比难啃硬骨头，撑到今日，终于肯低下头颅，为赵营效力了。